Les précipitations du mois de juin, 81 mm sur le site des Matouneyres à Carcans, correspondent à une valeur légèrement supérieure à la moyenne. Ces pluies ont été principalement marquées du 11 au 13 juin avec 52 mm. L’évaporation a par ailleurs été estimée à 134 mm soit une valeur moyenne pour la saison mais nettement supérieure aux précipitations.
 
La nappe des sables était à un niveau proche de la moyenne en début de mois et a connu ensuite une remontée d’environ 50 cm au moment des précipitations marquées de mi-juin. La période sèche qui a suivi a permis de retrouver les niveaux moyens en fin de mois. Le débit des cours d’eau a suivi les niveaux de la nappe avec un pic mi-juin qui s’est rapidement atténué pour atteindre des valeurs moyennes en fin de mois.

Le niveau du lac de Hourtin-Carcans a progressivement baissé de 9 cm pendant le mois de juin suivant ainsi la diminution des apports par les cours d’eau et l’augmentation de l’évaporation. Les vannes de l’écluse du Montaut à l’aval du lac avaient été totalement fermées depuis fin mai.
 
Le niveau du lac de Lacanau a légèrement augmenté pendant le mois de juin, d’environ 6 cm. Les apports des cours d’eau y sont en effet plus importants que sur le lac de Hourtin-Carcans et sa surface est trois fois plus petite. Les vannes de l’ouvrage de Batejin situées à l’aval du lac ont même dû être légèrement ouvertes mi-juin pour laisser passer le pic des débits des cours d’eau. Les vannes ont été à nouveau fermées le 20 juin.
 
Les débits sur le canal du Porge et de Lège ont été modérés pendant le mois de juin avec toutefois un pic autour de mi-juin. Les vannes des ouvrages du Porge ont ainsi été progressivement refermées en fin de mois pour maintenir les niveaux maximum pour la nappe et les marais adjacents.