Les grands marais en bordure de lacs font ainsi l'objet d'opérations ponctuelles :
- de pâturage extensif avec le troupeau itinérant de brebis et chèvres du Conservatoire des races d'Aquitaine
- d'entretien par broyage pour lesquelles les ACCA et AAPPMA participent avec des travaux réalisés en régie communale ou en prestation de services par des entreprises recrutées par marché public

Les lagunes forestières sont également concernées par des opérations de gestion. Par conventions avec les Mairies en forêt communale ou avec des privés volontaires, des travaux de restauration des profils naturels des lagunes sont mis en place : limitation du drainage proche de la lagune, restauration de l'ouverture de la végétation, ...

Les cours d'eau font également l'objet de mesures d'entretien localisées et adaptées secteur par secteur en fonction des enjeux. De façon générale, à proximité des bourgs et des zones sensibles en termes d'inondation, l'entretien vise à assurer le bon écoulement des eaux en supprimant les événtuels embâcles et en entretenant parfois mécaniquement la végétation. Dans les zones forestières, de l'entretien des ripisylves en place ou en cours de développement est mis en place. Enfin, en bordure de lacs, les zones sont laissées libres d'intervention puisque les débordements vers les marais sont bénéfiques et permettent de restaurer des fonctionnalités naturelles. Ces projets de reconnexions de zones humides depuis les crastes vers les marais et zones humides visent à favoriser leur mise en eau, restaurant ainsi des zones d'expansion de crue et de filtration naturelle des eaux, des zones de frayères et d'accueil de la biodiversité.

En têtes de bassin versant, autour des plaines agricoles et en forêt, des programmes de travaux sont mis en place pour favoriser une meilleure répartition des eaux. Au lieu de passer sur de grands collecteurs profonds et qui envoient rapidement les eaux vers l'aval, l'objectif est de restaurer des fossés avec des écoulements plus doux et superficiels, favorisant un temps de résidence de l'eau plus long : meilleure infiltration dans la nappe, filtration naturelle des eaux, accueil de la biodiversité...

Sur l'ensemble des milieux aquatiques, les opérations de suivi et de régulation des espèces exotiques envahissantes comme les jussies se poursuivent : des rives des lacs jusqu'aux petits fossés des bourgs.